继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：提图斯·维里沃 米密·罗杰斯 麦迪逊·林茨 Denise G. Sanchez 马克·阿特伯里 Patrick Brennan Rafael Cabrera 杰西卡·卡马乔 Stephen A. Chang 布鲁斯·戴维森 大卫·丹曼 Anthony Gonzales 曼尼·斯特里茨 马克斯·马蒂尼 Jared Shipley 盖·威尔逊
热度：30°C
演员：维罗娜·布鲁 斯宾塞·加雷特 尼古拉斯·冈萨雷斯 兰斯·莱迪克 斯蒂文·卡普 杰米·埃克托 莎拉·克拉克 加文·麦克因托什 埃米·阿奎诺 Raychel·Diane·Weiner 琳达·朴 提图斯·维里沃 雯特·艾娃·佐莉 特洛伊·伊万斯 麦迪逊·林茨 马克斯·阿西涅加 杨希·亚瑞斯 英格丽德·罗杰斯 保罗·考尔德伦 杰弗里·皮尔斯 乔治·斯科特·柯民思 斯蒂芬妮·埃尔布 布里德基·萨蒂纳 德基·拉雷 丹尼尔·D·乌伊
热度：28°C
演员：西尔维斯特·史泰龙 加内特·赫德兰 安德丽·萨维奇 马丁·斯塔尔 马克斯·凯塞拉 多米尼克·隆巴多兹 文森特·皮亚扎 杰·威尔 A·C·彼得森 约翰·塞纳迭姆博 达希尔·康纳利 凯西·希亚·沃特森 帕特里克·克莱因 布鲁斯·戴维斯 Ginger Gilmartin 波特·凯利 Zackary Brooks Phyllis Pastore Chris Caldovino Andrew Olson
热度：30°C